2001年2月9日，STS-98ミッションのスペースシャトル「アトランティス」がドッキングした．
このミッションでは，ISS最初の実験棟「デスティニー」が取り付けられる．
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 STS-98「アトランティス」 （1200 × 1780 pixel，439kb） |
 「PMA-3」に ドッキングした 「アトランティス(STS-98）」 （1200 × 800 pixel，144kb） |
2001年2月10日（1）
2月10日，まず，「ユニティ」前方に取り付けられていた「PMA-2」が「Z1トラス」船首側の仮取り付け位置に移設された．次いで「ユニティ」前方の共通結合機構に「デスティニー」を取り付けるためであり，「デスティニー」取り付け後，「デスティニー」前方の共通結合機構に取り付けられることになる．
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「Z1トラス」の
船首側仮取り付け位置に
取り付けられた
「PMA-2」
（1200 × 1800 pixel，337kb）
2001年2月10日（2）
「PMA-2」の仮取り付け位置への移設に続き，実験モジュール「デスティニー」が「ユニティ」船首側の共通結合機構に取り付けられた．
「デスティニー」は重量14t，長さ8.5m，直径4.3mの円筒形をした実験モジュールで，微小重力環境を利用した様々な実験器具を取り付けられるように設計されている他，ISS内の環境，通信，電力などを制御する機能も備えている．また，室内は重力を除けば地上と同様の環境に保たれ，地球側には窓も取り付けられている．
なお，今回のミッションで運ばれたのは，「デスティニー」本体のみであり，実験設備などは続くフライト5A.1で運び込まれることになる．
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「ユニティ」の
船首側共通結合機構に
取り付けられた
「デスティニー」
（1200 × 800 pixel，186kb）
2001年2月12日
2月12日，まず，「Z1トラス」船首側の仮取り付け位置に取り付けられていた「PMA-2」が，「デスティニー」船首側の共通結合機構に移設された．当初，この日の船外作業はここまでの予定だったが，作業が予定よりスムーズに進んだため，予定を変更，「デスティニー」を「アトランティス」のペイロード・ベイに固定していた支持回転軸へのカバーの取り付け，後のフライト6Aで運ばれるロボットアームの「足場」となる「PDGF : Power and Data Grapple Fixture」の取り付け，そして，「デスティニー」地球側に設けられた窓のカバーの取り外しと代わりのシャッターの取り付け等が行われた．
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 船首側に「PMA-2」が 取り付けられた 「デスティニー」 （1200 × 1300 pixel，264kb） |
 支持回転軸に カバーがかけられた 「デスティニー」 （1200 × 800 pixel，171kb） |
 「デスティニー」地球側に 取り付けられた 「PDGF」と シャッターが 取り付けられた窓 （1200 × 800 pixel，149kb） |
2001年2月14日
2月14日，前のフライト4Aで「P6トラス」最上部に移設されるまで「SASA」が取り付けられていた「Z1トラス」の右舷下部に，今回のフライトで運ばれた2基めの「SASA」が取り付けられた．
また，右舷側のラジエーター（PVR）が展開された．これで，「P6トラス」に装備されている3基のラジエーター全ての展開が完了した．
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2001年2月16日
2月16日，STS-98「アトランティス」が分離．
2001年2月24日
2月24日，「ズヴェズダ」後方のドッキング・ポートにドッキングしていたソユーズ宇宙船（TM-31）が「ザーリャ」地球側のドッキング・ポートに移動した．「ズヴェズダ」後方のドッキング・ポートには，次のフライト3Pでプログレス補給船（M-44）がドッキングすることになる．
